Functional Silencing of TATA-binding Protein (TBP) by a Covalent Linkage of the N-terminal Domain of TBP-associated Factor 1
Notice bibliographique
Résumé
General transcription factor TFIID is comprised of TATA-binding protein (TBP) and TBP-associated factors (TAFs), together playing critical roles in regulation of transcription initiation. The TAF N-terminal domain (TAND) of yeast TAF1 containing two subdomains, TAND1 (residues 10-37) and TAND2 (residues 46-71), is sufficient to interact with TBP and suppress the TATA binding activity of TBP. However, the detailed structural analysis of the complex between yeast TBP and TAND12 (residues 6-71) was hindered by its poor solubility and stability in solution. Here we report a molecular engineering approach where the N terminus of TBP is fused to the C terminus of TAND12 via linkers of various lengths containing (GGGS)(n) sequence, (n = 1, 2, 3). The length of the linker within the TAND12-TBP fusion has a significant effect on solubility and stability (SAS). The construct with (GGGS)(3) linker produces the best quality single-quantum-coherence (HSQC) NMR spectrum with markedly improved SAS. In parallel to these observations, the TAND12-TBP fusion exhibits marked reduction of TBP function in binding to TAF1 as well as temperature sensitivity in in vivo yeast cell growth. Remarkably, the temperature sensitivity was proportional to the length of the linker in the fusions: the construct with (GGGS)(3) linker did not grow at 20 degrees C, while those with (GGGS)(1) and (GGGS)(2) linkers did. These results together indicate that the native interaction between TBP and TAND12 is well maintained in the TAND12-(GGGS)(3)-TBP fusion and that this fusion approach provides an excellent model system to investigate the structural detail of the TBP-TAF1 interaction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».