Genome‐scale metabolic modeling of a clostridial co‐culture for consolidated bioprocessing
Notice bibliographique
Résumé
An alternative consolidated bioprocessing approach is the use of a co-culture containing cellulolytic and solventogenic clostridia. It has been demonstrated that the rate of cellulose utilization in the co-culture of Clostridium acetobutylicum and Clostridium cellulolyticum is improved compared to the mono-culture of C. cellulolyticum, suggesting the presence of syntrophy between these two species. However, the metabolic interactions in the co-culture are not well understood. To understand the metabolic interactions in the co-culture, we developed a genome-scale metabolic model of C. cellulolyticum comprising of 431 genes, 621 reactions, and 603 metabolites. The C. cellulolyticum model can successfully predict the chemostat growth and byproduct secretion with cellulose as the substrate. However, a growth arrest phenomenon, which occurs in batch cultures of C. cellulolyticum at cellulose concentrations higher than 6.7 g/L, cannot be predicted by dynamic flux balance analysis due to the lack of understanding of the underlying mechanism. These genome-scale metabolic models of the pure cultures have also been integrated using a community modeling framework to develop a dynamic model of metabolic interactions in the co-culture. Co-culture simulations suggest that cellobiose inhibition cannot be the main factor that is responsible for improved cellulose utilization relative to mono-culture of C. cellulolyticum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».