C‐terminal loop of <i>Streptomyces</i> phospholipase D has multiple functional roles
Notice bibliographique
Résumé
We have recently shown that two flexible loops of Streptomyces phospholipase D (PLD) affect the catalytic reaction of the enzyme by a comparative study of chimeric PLDs. Gly188 and Asp191 of PLD from Streptomyces septatus TH-2 (TH-2PLD) were identified as the key amino acid residues involved in the recognition of phospholipids. In the present study, we further investigated the relationship between a C-terminal loop of TH-2PLD and PLD activities to elucidate the reaction mechanism and the recognition of the substrate. By analyzing chimeras and mutants in terms of hydrolytic and transphosphatidylation activities, Ala426 and Lys438 of TH-2PLD were identified as the residues associated with the activities. We found that Gly188 and Asp191 recognized substrate forms, whereas residues Ala426 and Lys438 enhanced transphosphatidylation and hydrolysis activities regardless of the substrate form. By substituting Ala426 and Lys438 with Phe and His, respectively, the mutant showed not only higher activities but also higher thermostability and tolerance against organic solvents. Furthermore, the mutant also improved the selectivity of the transphosphatidylation activity. The residues Ala426 and Lys438 were located in the C-terminal flexible loop of Streptomyces PLD separate from the highly conserved catalytic HxKxxxxD motifs. We demonstrated that this C-terminal loop, which formed the entrance of the active well, has multiple functional roles in Streptomyces PLD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».