Roles of Conserved P Domain Residues and Mg2+ in ATP Binding in the Ground and Ca2+-activated States of Sarcoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase
Notice bibliographique
Résumé
Residues in conserved motifs (625)TGD, (676)FARXXPXXK, and (701)TGDGVND in domain P of sarcoplasmic reticulum Ca(2+)-ATPase, as well as in motifs (601)DPPR and (359)NQR(/K)MSV in the hinge segments connecting domains N and P, were examined by mutagenesis to assess their roles in nucleotide and Mg(2+) binding and stabilization of the Ca(2+)-activated transition state for phosphoryl transfer. In the absence of Mg(2+), mutations removing the charges of domain P residues Asp(627), Lys(684), Asp(703), and Asp(707) increased the affinity for ATP and 2',3'-O-(2,4,6-trinitrophenyl)-8-azidoadenosine 5'-triphosphate. These mutations, as well as Gly(626)--> Ala, were inhibitory for ATP binding in the presence of Mg(2+) and for tight binding of the beta,gamma-bidentate chromium(III) complex of ATP. The hinge mutations had pronounced, but variable, effects on ATP binding only in the presence of Mg(2+). The data demonstrate an unfavorable electrostatic environment for binding of negatively charged nucleotide in domain P and show that Mg(2+) is required to anchor the phosphoryl group of ATP at the phosphorylation site. Mutants Gly(626) --> Ala, Lys(684) --> Met, Asp(703) --> Ala/Ser/Cys, and mutants with alteration to Asp(707) exhibited very slow or negligible phosphorylation, making it possible to measure ATP binding in the pseudo-transition state attained in the presence of both Mg(2+) and Ca(2+). Under these conditions, ATP binding was almost completely blocked in Gly(626) --> Ala and occurred with 12- and 7-fold reduced affinities in Asp(703) --> Ala and Asp(707) --> Cys, respectively, relative to the situation in the presence of Mg(2+) without Ca(2+), whereas in Lys(684) --> Met and Asp(707) --> Ser/Asn the affinity was enhanced 14- and 3-5-fold, respectively. Hence, Gly(626) and Asp(703) seem particularly critical for mediating entry into the transition state for phosphoryl transfer upon Ca(2+) binding at the transport sites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».