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Enregistrement W2039502062 · doi:10.1371/journal.ppat.1004244

Genetic Analysis of Leishmania donovani Tropism Using a Naturally Attenuated Cutaneous Strain

2014· article· en· W2039502062 sur OpenAlexafffund
Wen‐Wei Zhang, Gowthaman Ramasamy, Laura‐Isobel McCall, Andrew Haydock, Shalindra Ranasinghe, Priyanka Abeygunasekara, Ganga Sirimanna, Renu Wickremasinghe, Peter J. Myler, Greg Matlashewski

Notice bibliographique

RevuePLoS Pathogens · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueResearch on Leishmaniasis Studies
Établissements canadiensMcGill University Health CentreMcGill University
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchFogarty International CenterNational Institutes of HealthNational Research Council Sri Lanka
Mots-clésCutaneous leishmaniasisVisceral leishmaniasisBiologyLeishmania donovaniTropismLeishmaniaLeishmaniasisVirologyPseudogeneLeishmania majorSingle-nucleotide polymorphismGeneTissue tropismCopy-number variationGeneticsGenotypeParasite hostingGenomeVirus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A central question in Leishmania research is why most species cause cutaneous infections but others cause fatal visceral disease. Interestingly, L. donovani causes both visceral and cutaneous leishmaniasis in Sri Lanka. L. donovani clinical isolates were therefore obtained from cutaneous leishmaniasis (CL-SL) and visceral leishmaniasis (VL-SL) patients from Sri Lanka. The CL-SL isolate was severely attenuated compared to the VL-SL isolate for survival in visceral organs in BALB/c mice. Genomic and transcriptomic analysis argue that gene deletions or pseudogenes specific to CL-SL are not responsible for the difference in disease tropism and that single nucleotide polymorphisms (SNPs) and/or gene copy number variations play a major role in altered pathology. This is illustrated through the observations within showing that a decreased copy number of the A2 gene family and a mutation in the ras-like RagC GTPase enzyme in the mTOR pathway contribute to the attenuation of the CL-SL strain in visceral infection. Overall, this research provides a unique perspective on genetic differences associated with diverse pathologies caused by Leishmania infection.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,291
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations107
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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