Control of transposase activity within a transpososome by the configuration of the flanking DNA segment of the transposon
Notice bibliographique
Résumé
The multiple steps of DNA transposition take place within a large complex called the transpososome, in which a pair of transposon DNA ends are synapsed by a multimer of the transposase protein. The final step, a DNA strand transfer reaction that joins the transposon ends to the target DNA strands, entails no net change in the number of high-energy chemical bonds. Physiology demands that, despite remaining stably associated with the transpososome, the strand transfer products undergo neither the reverse reaction nor any further cleavage reactions. Accordingly, when the Mu or Tn10 strand transfer complex was produced in vitro through transposase-catalyzed reaction steps, reverse reactions were undetectable. In contrast, when the Mu or Tn10 strand transfer complexes were assembled from DNA already having the structure of the strand transfer product, we detected a reaction that resembled reversal of target DNA strand transfer. The stereoselectivity of phosphorothioate-containing substrates indicated that this reaction proceeds as the pseudoreversal of the normal target DNA strand transfer step. Comparison of the reactivity of closely related Mu substrate DNA structures indicated that the configuration of the flanking DNA outside of the transposon sequence plays a key role in preventing the transposon end cleavage reaction after the strand transfer step.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».