HLA-associated viral polymorphism in chronically HIV-1-infected Japanese cohort: analysis of four-digit HLA allele level
Notice bibliographique
Résumé
It is assumed that the difference of HLA class I distribution among ethnic populations influences HIV evolution because HLA-restricted immune pressure selects escape mutations. Approximately 50% of HLA class I alleles are shared between Japanese and Caucasians. The analysis of HLA-associated polymorphism (HLA-AP) in both Japanese and Caucasian infected with clade B virus is expected to clarify the difference of HIV-1 evolution between both populations. We sequenced Gag, Pol, and Nef genes in 430 treatment-naïve Japanese chronically infected with HIV-1 clade B and then identified HLA-associated amino acids at each codon using a phylogenetically corrected logistic regression model and false discovery rates to correct for multiple tests. We completely determined 400, 366, and 309 sequences of Gag, Pol, and Nef, respectively, and then analyzed polymorphisms associated with 78 four-digit HLA alleles (21 HLA-A, 38 HLA-B, and 19 HLA-C alleles). At the threshold of q<0.2, we found 195 HLA-APs (67 in Gag, 61 in Pol, and 67 in Nef). These polymorphisms were observed at 39 of 501 (7.8%) Gag, 42 of 1004 (4.2%) Pol, and 33 of 207 (16.0%) Nef codons. Ninety-six HLA-APs associated with more than one HLA subtype allele were detected in 4-digital HLA allele analysis. Approximately 40% of HLA-APs were associated with HLA alleles predominantly found in Asia. Out of HLA-APs associated with common HLA alleles, approximately 50% were found in Caucasian population (IHAC cohort). This study demonstrated that only 30% of HLA-APs were shared between Caucasians and Japanese, indicating that the difference in HLA allele distributions resulted in distinct HIV-1 evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».