Directed Evolution of the Actinomycete Cytochrome P450 MoxA (CYP105) for Enhanced Activity
Notice bibliographique
Résumé
Actinomycete cytochrome P450 from Nonomuraea recticatena NBRC 14525 (P450moxA) catalyzes the hydroxylation of a broad range of substrates, including fatty acids, steroids, and various aromatic compounds. Hence, the enzyme is potentially useful in medicinal applications, but the activity is insufficient for practical use. Here we applied directed evolution to enhance the activity. A random mutagenesis library was screened using 7-ethoxycoumarin as a substrate to retrieve 17 variants showing >2-fold activities. Twenty-five amino acid substitutions were found in the variants, of which five mutations were identified to have the largest effects (Q87W, T115A, H132L, R191W, and G294D). These mutations additively increased the activity; the quintet mutant had 20-times the activity of the wildtype. These five single mutations also increased in activity toward structurally distinct substrates (diclofenac and naringenin). Based on the three-dimensional structure of the enzyme, we discerned that mutations in the substrate recognition site improved the activity, which was substrate dependent; mutations apart from the active site improved the activity as well as the substrates did.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».