Hydrophobic Core Repacking in a Coiled-Coil Dimer via Phage Display: Insights into Plasticity and Specificity at a Protein−Protein Interface
Notice bibliographique
Résumé
The coiled-coil, which consists of two or more interwoven amphiphilic alpha-helices, is formed by sequences that have a characteristic heptad repeat (abcdefg) where a and d are hydrophobic residues. Most efforts to elucidate the origins of coiled-coil pairing selectivity have focused on electrostatic interactions among side chains that flank the core (positions e and g) and on polar side chains that occur occasionally at core positions. We have used phage display to explore another source of coiled-coil specificity: steric matching among nonpolar side chains in the core. We introduced a destabilizing Leu-->Ala mutation into the core of one helix in a known heterodimer and then screened a phage-based library of potential partner helices in search of compensating mutations. We identified a new heterodimer pair (30 residues/helix) that is comparable in stability to the GCN4-p1 homodimer (33 residues/helix). Furthermore, the Leu-->Ala mutant shows specificity for its phage-derived partner over the original partner despite their similar sequences. These results show that a phage-based approach can provide unique insights on coiled-coil pairing preferences that should facilitate both the analysis of natural sequences and the development of specific dimerization motifs that are orthogonal to one another.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».