Promoter-specific Activation and Demethylation by MBD2/Demethylase
Notice bibliographique
Résumé
MBD2 is the only member of a family of methyl-CpG-binding proteins that has been reported to be both a transcriptional repressor and a DNA demethylase (dMTase). To understand the apparently contradictory function of MBD2/dMTase, we studied the effects of dMTase overexpression on the activity of various in vitro methylated promoters transiently transfected into HEK293 cells. We found that forced expression of a MBD2/dMTase expression vector (His-dMTase) differentially activated two methylated reporters, pSV40-CAT (the SV40 enhancerless promoter adjacent to the chloramphenicol acetyltransferase (CAT) reporter gene) and pGL2T+I4xTBRE (a region of the p21 promoter next to the luciferase reporter gene), in a time- and dose-dependent manner. His-dMTase increased pSV40-CAT expression by 3-10-fold after 96 h, while pGL2T+I4xTBRE expression was increased by 2-3-fold after only 48 h and did not further increase at 96 h. Gene activation was not universal because no effect was seen with the p19-ARF promoter. We then assessed whether activation might be due to demethylation within the promoter region. Using bisulfite mapping, we found that exogenous expression of His-dMTase induced demethylation at 8 of the 10 CpG sites within the SV40 promoter. The observation that His-dMTase increases the demethylase activity in the cells was also confirmed using an in vitro CpG demethylase assay with a mC32pG oligonucleotide substrate and purified Q-Sepharose fractions from HEK293 cells transfected with His-dMTase or empty pcDNA3.1His vector. We propose that a single protein possessing both repressor and demethylase functions has evolved to coordinate a program that requires suppression of some methylated genes and activation of others.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».