Improved Precision of iTRAQ and TMT Quantification by an Axial Extraction Field in an Orbitrap HCD Cell
Notice bibliographique
Résumé
Improving analytical precision is a major goal in quantitative differential proteomics as high precision ensures low numbers of outliers, a source of false positives with regard to quantification. In addition, higher precision increases statistical power, i.e., the probability to detect significant differences. With chemical labeling using isobaric tags for relative and absolute quantitation (iTRAQ) or tandem mass tag (TMT) reagents, quantification is based on the extraction of reporter ions from tandem mass spectrometry (MS/MS) spectra. We compared the performance of two versions of the LTQ Orbitrap higher energy collisional dissociation (HCD) cell with and without an axial electric field with regard to reporter ion quantification. The HCD cell with the axial electric field was designed to push fragment ions into the C-trap and this version is mounted in current Orbitrap XL ETD and Orbitrap Velos instruments. Our goal was to evaluate whether the purported improvement in ion transmission had a measurable impact on the precision of MS/MS based quantification using peptide labeling with isobaric tags. We show that the axial electric field led to an increased percentage of HCD spectra in which the complete set of reporter ions was detected and, even more important, to a reduction in overall variance, i.e., improved analytical precision of the acquired data. Notably, adequate precision of HCD-based quantification was maintained even for low precursor ion intensities of a complex biological sample. These findings may help researchers in their design of quantitative proteomics studies using isobaric tags and establish HCD-based quantification on the LTQ Orbitrap as a highly precise approach in quantitative proteomics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».