Small non-coding RNAs in Streptomyces coelicolor
Notice bibliographique
Résumé
In bacteria, small RNAs (sRNAs) make important regulatory contributions to an ever increasing number of cellular processes. To expand the repertoire of known sRNAs, we sought to identify novel sRNAs in the differentiating, multicellular bacterium Streptomyces coelicolor. We describe a combined bioinformatic and experimental approach that enabled the identification and characterization of nine novel sRNAs in S. coelicolor, including a cis-encoded antisense sRNA. We examined sRNA expression throughout the S. coelicolor developmental cycle, which progresses from vegetative mycelium formation, to aerial mycelium formation and finally sporulation. We further determined the effects of growth medium composition (rich versus minimal medium) on sRNA gene expression, and compared wild-type sRNA expression profiles with those of four developmental mutants. All but two of the sRNAs exhibited some degree of medium dependence, with three sRNAs being expressed exclusively during growth on one medium type. Unlike most sRNAs characterized thus far, several sRNA genes in S. coelicolor were expressed constitutively (apart from during late sporulation), suggesting a possible housekeeping role for these transcripts. Others were expressed at specific developmental stages, and their expression profiles were altered in response to developmental mutations. Expression of one sRNA in particular was dependent upon the sporulation-specific sigma factor sigma(WhiG).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».