Phylogenetic and haplotype analyses of four segregates within <i>Cladonia arbuscula</i> s.l.This paper is one of a selection of papers published as part of the special Schofield Gedenkschrift.
Notice bibliographique
Résumé
Cladonia arbuscula (Wallr.) Flotow sensu lato is a widespread species complex traditionally divided among several subspecies on the basis of thallus morphology and secondary chemistry. Here we examine the evolutionary relationships of four of these segregates, C. arbuscula subsp. beringiana Ahti, C. arbuscula subsp. squarrosa (Wallr.) Burgaz, C. mitis Sandst., and an unnamed subspecies (referred to as C. arbuscula subsp. squarrosa PD– strain) in an attempt to link them to specific genotypes. The internal transcribed spacer regions of the nuclear ribosomal DNA (ITS rDNA) and the β-tubulin genes were sequenced for phylogenetic and haplotype analyses. In addition, the ITS2 RNA region was folded and changes were applied to the evolutionary hypothesis. We conclude that morphological differentiation within C. arbuscula s.l. is largely independent of variation in ITS rDNA and β-tubulin sequences, notwithstanding the distinct albeit incomplete clade formed by C. mitis. Compensatory base changes in the ITS2 RNA secondary structure could not support reproductive isolation. It is recommended that C. mitis be recognized at the subspecific rank as C. arbuscula subsp. mitis , and that subsp. squarrosa be included in subsp. beringiana . The apparent lack of correlation in C. arbuscula between genetic variability in the mycobiont and observed morphological variation in the thallus is intriguing, and requires explanation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».