Influence of HLA Class I Haplotypes on HIV-1 Seroconversion and Disease Progression in Pumwani Sex Worker Cohort
Notice bibliographique
Résumé
We examined the effect of HLA class I haplotypes on HIV-1 seroconversion and disease progression in the Pumwani sex worker cohort. This study included 595 HIV-1 positive patients and 176 HIV negative individuals. HLA-A, -B, and -C were typed to 4-digit resolution using sequence-based typing method. HLA class I haplotype frequencies were estimated using PyPop 32-0.6.0. The influence of haplotypes on time to seroconversion and CD4+ T cell decline to <200 cells/mm3 were analyzed by Kaplan-Meier analysis using SPSS 13.0. Before corrections for multiple comparisons, three 2-loci haplotypes were significantly associated with faster seroconversion, including A*23∶01-C*02∶02 (p = 0.014, log rank(LR) = 6.06, false-discovery rate (FDR) = 0.056), B*42∶01-C*17∶01 (p = 0.01, LR = 6.60, FDR = 0.08) and B*07∶02-C*07∶02 (p = 0.013, LR = 6.14, FDR = 0.069). Two A*74∶01 containing haplotypes, A*74∶01-B*15∶03 (p = 0.047, LR = 3.942, FDR = 0.068) and A*74∶01-B*15∶03-C*02∶02 (p = 0.045, LR = 4.01, FDR = 0.072) and B*14∶02-C*08∶02 (p = 0.021, LR = 5.36, FDR = 0.056) were associated with slower disease progression. Five haplotypes, including A*30∶02-B*45∶01 (p = 0.0008, LR = 11.183, FDR = 0.013), A*30∶02-C*16∶01 (p = 0.015, LR = 5.97, FDR = 0.048), B*53∶01-C*04∶01 (p = 0.010, LR = 6.61, FDR = 0.08), B*15∶10-C*03∶04 (p = 0.031, LR = 4.65, FDR = 0.062), and B*58∶01-C*03∶02 (p = 0.037, LR = 4.35, FDR = 0.066) were associated with faster progression to AIDS. After FDR corrections, only the associations of A*30∶02-B*45∶01 and A*30∶02-C*16∶01 with faster disease progression remained significant. Cox regression and deconstructed Kaplan-Meier survival analysis showed that the associations of haplotypes of A*23∶01-C*02∶02, B*07∶02-C*07∶02, A*74∶01-B*15∶03, A*74∶01-B*15∶03-C*02∶02, B*14∶02-C*08∶02 and B*58∶01-C*03∶02 with differential seroconversion or disease progression are due to the dominant effect of a single allele within the haplotypes. The true haplotype effect was observed with A*30∶02-B*45∶01, A*30∶02-C*16∶02, B*53∶01-C*04∶01 B*15∶10-C*03∶04, and B*42∶01-C*17∶01. In these cases, the presence of both alleles accelerated the disease progression or seroconversion than any of the single allele within the haplotypes. Our study showed that the true effects of HLA class I haplotypes on HIV seroconversion and disease progression exist and the associations of HLA class I haplotype can also be due to the dominant effect of a single allele within the haplotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».