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Enregistrement W2046144371 · doi:10.1186/1471-2164-11-729

SPC-P1: a pathogenicity-associated prophage of Salmonella paratyphi C

2010· article· en· W2046144371 sur OpenAlexafffund
Qinghua Zou, Qinghai Li, Hong-Yun Zhu, Ye Feng, Yongguo Li, Randal N. Johnston, Gui‐Rong Liu, Shu‐Lin Liu

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSalmonella and Campylobacter epidemiology
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesPeking University Health Science CenterSpecialized Research Fund for the Doctoral Program of Higher Education of ChinaPeking UniversityCanadian Institutes of Health ResearchNatural Science Foundation of Heilongjiang ProvinceNational Natural Science Foundation of ChinaHarbin Medical University
Mots-clésProphageBiologyPathogenicity islandMicrobiologySalmonellaTyphoid feverVirulenceVirologyBacteriophageLysogenic cycleTemperatenessPathogenicityBacteriaGeneticsEscherichia coliGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Salmonella paratyphi C is one of the few human-adapted pathogens along with S. typhi, S. paratyphi A and S. paratyphi B that cause typhoid, but it is not clear whether these bacteria cause the disease by the same or different pathogenic mechanisms. Notably, these typhoid agents have distinct sets of large genomic insertions, which may encode different pathogenicity factors. Previously we identified a novel prophage, SPC-P1, in S. paratyphi C RKS4594 and wondered whether it might be involved in pathogenicity of the bacteria. RESULTS: We analyzed the sequence of SPC-P1 and found that it is an inducible phage with an overall G+C content of 47.24%, similar to that of most Salmonella phages such as P22 and ST64T but significantly lower than the 52.16% average of the RKS4594 chromosome. Electron microscopy showed short-tailed phage particles very similar to the lambdoid phage CUS-3. To evaluate its roles in pathogenicity, we lysogenized S. paratyphi C strain CN13/87, which did not have this prophage, and infected mice with the lysogenized CN13/87. Compared to the phage-free wild type CN13/87, the lysogenized CN13/87 exhibited significantly increased virulence and caused multi-organ damages in mice at considerably lower infection doses. CONCLUSIONS: SPC-P1 contributes pathogenicity to S. paratyphi C in animal infection models, so it is possible that this prophage is involved in typhoid pathogenesis in humans. Genetic and functional analyses of SPC-P1 may facilitate the study of pathogenic evolution of the extant typhoid agents, providing particular help in elucidating the pathogenic determinants of the typhoid agents.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,837
Score d'incertitude au seuil0,274

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,227
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations38
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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