Crystal structure of the BTB domain from the LRF/ZBTB7 transcriptional regulator
Notice bibliographique
Résumé
BTB-zinc finger (BTB-ZF) proteins are transcription regulators with roles in development, differentiation, and oncogenesis. In these proteins, the BTB domain (also known as the POZ domain) is a protein-protein interaction motif that contains a dimerization interface, a possible oligomerization surface, and surfaces for interactions with other factors, including nuclear co-repressors and histone deacetylases. The BTB-ZF protein LRF (also known as ZBTB7, FBI-1, OCZF, and Pokemon) is a master regulator of oncogenesis, and represses the transcription of a variety of important genes, including the ARF, c-fos, and c-myc oncogenes and extracellular matrix genes. We determined the crystal structure of the BTB domain from human LRF to 2.1 A and observed the canonical BTB homodimer fold. However, novel features are apparent on the surface of the homodimer, including differences in the lateral groove and charged pocket regions. The residues that line the lateral groove have little similarity with the equivalent residues from the BCL6 BTB domain, and we show that the 17-residue BCL6 Binding Domain (BBD) from the SMRT co-repressor does not bind to the LRF BTB domain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».