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Enregistrement W2047503433 · doi:10.5197/j.2044-0588.2010.022.032

New diseases of <i>Trillium</i> in the UK caused by <i>Colletotrichum lineola</i> and <i>Urocystis trillii</i>

2010· article· en· W2047503433 sur OpenAlexaboutno aff
B. Henricot

Notice bibliographique

RevueNew Disease Reports · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Pathogens and Fungal Diseases
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyBotanyHerbariumConidiumSetaPycnidiumPetalGenus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Trillium species consist of temperate-forest herbs and are native to North America and Asia (Case & Case, 1997). They are spring-flowering perennials with three sepals and three petals. In the UK, they are specialist grown plants suitable for the woodland garden. In May 2005, Trillium erectum f. albiflorum diseased plants originating from a nursery in Hampshire were received at the Royal Horticultural Society. Symptoms included pale brown lesions on the stems and leaves in which dark setae were visible (Fig. 1). Conidia of the fungus were hyaline, aseptate with an acute apex and truncate base and measured 21-29 times 2.9-1.6 μm (Fig. 2). Setae were usually one-septate at the base, brown and measured 123-400 μm (Fig. 3). The morphological characteristics fitted a Colletrotrichum species. As there is a high variability of the morphological features in Colletotrichum, the identification was achieved by sequencing of the ITS and the histone3 (HIS3) regions (Damm et al., 2009). The ITS and HIS3 regions were amplified using ITS1/ITS 4 primers (White et al., 1990) and CYLH3F/CYLH3R primers (Crous et al., 2004) respectively and sequenced (GenBank Accession Nos. HQ239359, HQ239360). Although the ITS sequence was identical to Colletotrichum dematium and C. linolea, the H3 sequence differentiated both species and confirmed the identity as C. lineola. An herbarium sample was deposited at the Royal Botanic Gardens, Kew (K(M)164723). The fungus was isolated on PDA and sporulated after two weeks at 20°C under a 16 h photoperiod. To fulfil Koch's postulates, Trillium grandiflorum plants were dipped in a suspension of ~ 2 times 106 spores/ml and covered with a plastic bag for 48 hrs to maintain a high humidity. The plants were left outside where the temperature ranged from 12° to 25°C. After two months the plants collapsed and the fungus was re-isolated from the inoculated tissues. Control plants were water-inoculated and remained healthy. In June 2010, Trillium kurabayashii plants originating from Norfolk were received at the RHS showing typical symptoms of a smut disease (Figs. 4A & B). Sori exposing black spore masses were observed mainly on stems sometimes spreading to the base of leaves. The sori were large and confluent with individual sori reaching 3.5 cm in length. Ellipsoid, ovoid brown spore balls measured 29-42 times 29-58 μm and were surrounded by a layer of hyaline sterile cells measuring 8-12 times 5-9 μm. The spores were chestnut-brown ovoid or polyhedral and measured 14-23 times 11-17 μm (Fig. 5). The morphological characteristics fit the description of the smut fungus Urocystis trillii (Jackson, 1920). An herbarium sample was deposited at the Royal Botanic Gardens, Kew (K(M)166157). The ITS region was sequenced as above (GenBank Accession No HQ239361) and was unique when compared to other sequences in GenBank. Colletotrichum lineola is a widespread pathogen affecting a wide range of plant species in temperate regions. The only occurrence of the fungus on Trillium was reported from the USA (Farr & Rossman, 2010). Urocystis trillii is a rarely reported smut specific to Trillium that occurs in Canada, Japan and Western North America (Farr et al., 2010). This is the first case of the disease in the UK or indeed Europe.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,019
Score d'incertitude au seuil0,037

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,209
Écart entre enseignants0,205 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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