Investigation of residues Lys112, Glu136, His138, Gly247, Tyr248, and Asp249 in the active site of yeast cystathionine β-synthase
Notice bibliographique
Résumé
Cystathionine beta-synthase (CBS), the first enzyme of the reverse transsulfuration pathway, catalyzes the pyridoxal 5'-phosphate-dependent condensation of l-serine and l-homocysteine to form l-cystathionine (l-Cth). A model of the l-Cth complex of the truncated form of yeast CBS (ytCBS), comprising the catalytic core, was constructed to identify residues involved in the binding of l-homocysteine and the distal portion of l-Cth. Residue K112 was selected for site-directed mutagenesis based on the results of the in silico docking of l-Cth to the modeled structure of ytCBS. Residues E136, H138, Y248, and D249 of ytCBS were also targeted as they correspond to identical polar residues lining the mouth of the active site in the structure of human CBS. A series of 8 site-directed mutants was constructed, and their order of impact on the ability of ytCBS to catalyze the beta-replacement reaction is G247S asymptotically equal to K112Q > K112L asymptotically equal to K112R >> Y248F > D249A asymptotically equal to H138F > E136A. The beta-replacement activity of G247S, which corresponds to the homocystinuria-associated G307S mutant of human CBS, is undetectable. The Kml-Ser of the K112L and K112R mutants is increased by 50- and 90-fold, respectively, while Kml-Hcys increases by only 2- and 4-fold, respectively. The Kml-Hcys of H138F and Y248F is increased by 8- and 18-fold, respectively. These results indicate that, while the targeted residues are not direct determinants of l-Hcys binding, G307, Y248, and K112 play essential roles in the maintenance of appropriate active-site conformation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».