Human Immunodeficiency Virus Type 1 Genomic RNA Sequences in the Female Genital Tract and Blood: Compartmentalization and Intrapatient Recombination
Notice bibliographique
Résumé
Investigation of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) in the genital tract of women is crucial to the development of vaccines and therapies. Previous analyses of HIV-1 in various anatomic sites have documented compartmentalization, with viral sequences from each location that were distinct yet phylogenetically related. Full-length RNA genomes derived from different compartments in the same individual, however, have not yet been studied. Furthermore, although there is evidence that intrapatient recombination may occur frequently, recombinants comprising viruses from different sites within one individual have rarely been documented. We compared full-length HIV-1 RNA sequences in the plasma and female genital tract, focusing on a woman with high HIV-1 RNA loads in each compartment who had been infected heterosexually and then transmitted HIV-1 by the same route. We cloned and sequenced 10 full-length HIV-1 RNA genomes from her genital tract and 10 from her plasma. We also compared viral genomes from the genital tract and plasma of four additional heterosexually infected women, sequencing 164 env and gag clones obtained from the two sites. Four of five women, including the one whose complete viral sequences were determined, displayed compartmentalized HIV-1 genomes. Analyses of full-length, compartmentalized sequences made it possible to document complex intrapatient HIV-1 recombinants that were composed of alternating viral sequences characteristic of each site. These findings demonstrate that the genital tract and blood harbor genetically distinct populations of replicating HIV-1 and provide evidence that recombination between strains from the two compartments contributes to rapid evolution of viral sequence variation in infected individuals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».