European Emergence of Ciprofloxacin-Resistant <i>Escherichia coli</i> Clonal Groups O25:H4-ST 131 and O15:K52:H1 Causing Community-Acquired Uncomplicated Cystitis
Notice bibliographique
Résumé
A total of 148 E. coli strains displaying reduced susceptibility to ciprofloxacin (MIC > or = 2 microg/ml) and causing uncomplicated urinary tract infections in eight European countries during 2003 to 2006 were studied. Their phylogenetic groups, biochemical profiles, and antibiotic susceptibilities were determined. Determination of the O:H serotype, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) PCR, and multilocus sequence typing provided additional discrimination. The majority (82.4%) of the microorganisms (122/148) carried resistance to two or more additional drugs, with the pattern ciprofloxacin-trimethoprim-sufamethoxazole-tetracycline-ampicillin being the most represented (73 strains out of 148; 49.3%). Extended-spectrum beta-lactamase production was detected in 12/148 strains (8.1%), with CTX-M-15 being the most-common enzyme. Six strains out of the whole collection studied (4.0%) contained a qnrB-like gene. Overall, 55 different PFGE or RAPD PCR profiles could be distinguished, indicating a substantial heterogeneity. However, about one-third (51/148) of the strains belonged to two clonal groups: O15:K52:H1 (phylogenetic group B2, lactose-nonfermenting variant, ciprofloxacin MIC of 16 microg/ml) and O25:H4 sequence type 131 (ST-131) (phylogenetic group D, ciprofloxacin MIC of > or = 32 microg/ml). With the exception of Poland, strains of these two groups were isolated in samples from all participating countries but more frequently in samples from Spain and Italy. In some representative strains of the two main clonal groups, alterations in GyrA and ParC were the basic mechanism of fluoroquinolone resistance. In some members of the O25:H4 ST-131 group, displaying a ciprofloxacin MIC of > 32 microg/ml, additional OmpF loss or pump efflux overexpression was found. In the Mediterranean area, strains belonging to these two clonal groups played a major role in determining the high rate of fluoroquinolone-resistant E. coli strains observed in the community.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».