Parallel Atomic Force Microscopy and NMR Spectroscopy To Investigate Self-Assembled Protein−Nucleotide Aggregates
Notice bibliographique
Résumé
The concurrent use of atomic force microscopy (AFM) and NMR spectroscopy should enable one to link the structural information from the former to chemical information obtained with the latter. In this instance, the self-assembly of type I collagen into segmental long spacing (SLS) collagen crystallites is examined, and the first concrete evidence for the incorporation of the nucleotide ATP into these crystallites is presented. The type I collagen monomer contains no phosphorus, unlike the triphosphate group of the ATP, thus making 31 P NMR spectroscopy a highly specific probe for the location and interaction of ATP. The changes in the 31 P NMR spectral attributes upon self-assembly of SLS collagen crystallites under various conditions are interpreted with relation to the crystallite morphology observed with AFM. The formation of crystallites is found to correlate with decreased mobility of all three 31 P nuclei of ATP, as evinced by appreciable line broadening in the solution-state spectra. This is attributable to ATP incorporation into the crystallite structure. Analysis of the resonance frequencies for each of the 31 P nuclei of ATP indicates that the α- and γ-phosphates have decreased electron density relative to the β-phosphate upon incorporation, implying direct charge−charge binding, with binding probabilities greater for the α- and γ-phosphate groups than for the β-phosphate group. Three possible scaffolding roles of the ATP are proposed with respect to the structure of the SLS collagen crystallite based upon the evidence presented.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».