Structural Constraints Imposed by the Conserved Fusion Peptide on the HIV-1 gp41 Epitope Recognized by the Broadly Neutralizing Antibody 2F5
Notice bibliographique
Résumé
The HIV-1 gp41 epitope recognized by the broadly neutralizing 2F5 antibody has focused much attention as a suitable target in the design of peptide immunogens. Peptides mimicking the linear 2F5 epitope (2F5ep) are however intrinsically disordered, while the structural constraints existing in the cognate gp41 native structure recognized by the antibody are presently unknown. In recent reports, we have shown that core residues of the amino-terminal fusion peptide (FP) increase MAb2F5 affinity. Here, we have inferred the sequence-specific structural constraints imposed by the FP residues on the 2F5 epitope from the comparison of two hybrid peptides: HybK3, which connects through a flexible tether residues derived from 2F5ep and FP sequences, and scrHybK3, combining 2F5ep and an FP sequence with the conserved core scrambled. Circular dichroism, conventional and two-dimensional correlation infrared spectroscopy, and X-ray diffraction studies revealed specific structural features that were dependent on the exact FP sequence, namely, (i) the production with moderate low polarity of an intermediate folded structure enriched in beta-turns and alpha-helix; (ii) the existence in this intermediate of a thermotropic conformational transition taking place at ca. 18-20 degrees C, consistent with the conversion of 3(10)-helices into beta-turn conformers; and (iii) the presence of a C-terminal alpha-helix in crystals of Fab'-peptide complexes. Those features support the existence of native-like tertiary interactions between FP and 2F5 epitope residues, which might be important to recreate when developing an effective AIDS peptide vaccine.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».