Genomic characterisation of the ichthyotoxic prymnesiophyte<i>Chrysochromulina polylepis,</i>and the expression of polyketide synthase genes in synchronized cultures
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The widely distributed prymnesiophyte species Chrysochromulina polylepis is prominent and well known for occasional formation of ichthyotoxic blooms. The chemical structure of the C. polylepis toxin(s) has not yet been elucidated, but the associated haemolytic activity, potent membrane disruption interactions and toxicity to finfish and protists have led to the suggestion that they may be similar to the prymnesins of Prymnesium parvum. Such polyether toxins are presumably formed partially or completely via polyketide biosynthetic pathways. In this genetic study of C. polylepis, we generated and analysed a genomic DNA and a normalized cDNA library. We estimated a genome size of approximately 230 mbp based upon analysis of >1000 genomic library clones. Of the cDNA library, 3839 clones were partially sequenced and annotated, representing approximately 2900 unique contigs. We detected several genes putatively related to toxin synthesis. Thirteen putative polyketide synthase (PKS)-related gene sequences were identified and phylogenetic analysis identified two of these as containing ketoacyl domains of the modular type I PKS. Semi-quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) was used to follow the expression of PKS genes over the light/dark cycle of synchronized C. polylepis cultures. This is the first study showing the expression of PKS genes in marine microalgae, in this case in the toxigenic C. polylepis. © 2010 British Phycological Society.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle