Structure of the subtilisin Carlsberg–OMTKY3 complex reveals two different ovomucoid conformations
Notice bibliographique
Résumé
One of the most studied protein proteinase inhibitors is the turkey ovomucoid third domain, OMTKY3. This inhibitor contains a reactive-site loop (Lys13I-Arg21I) that binds in a nearly identical manner to all studied serine proteinases, regardless of their clan or specificity. The crystal structure of OMTKY3 bound to subtilisin Carlsberg (CARL) has been determined. There are two complete copies of the complexes in the crystallographic asymmetric unit. Whereas the two enzyme molecules are virtually identical [0.16 A root-mean-square difference (r.m.s.d.) for 274 C(alpha) atoms], the two inhibitor molecules show dramatic differences between one another (r.m.s.d. = 2.4 A for 50 C(alpha) atoms). When compared with other proteinase-bound OMTKY3 molecules, these inhibitors show even larger differences. This work facilitates a re-evaluation of the importance of certain ovomucoid residues in proteinase binding and explains why additivity and sequence-based binding-prediction methods fail for the CARL-OMTKY3 complex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».