Remarkably Strong T-Shaped Interactions between Aromatic Amino Acids and Adenine: Their Increase upon Nucleobase Methylation and a Comparison to Stacking
Notice bibliographique
Résumé
T-shaped geometries and interaction energies between select DNA nucleobases (adenine or 3-methyladenine) and all aromatic amino acids (histidine, phenylalanine, tyrosine, or tryptophan) were examined using BSSE-corrected MP2/6-31G*(0.25) potential energy surface scans, which determined the preferred nucleobase (face)-amino acid (edge) and nucleobase (edge)-amino acid (face) interactions. The energies of dimers with the strongest interactions were further studied at the CCSD(T)/CBS level of theory, which suggests that the T-shaped interactions in adenine dimers are very strong (up to -35 kJ mol(-1)). Nucleobase methylation to form a cationic damaged base (3-methyladenine) plays a large role in the relative monomer orientations and magnitude of the interactions, which increase by 17-125%. Most importantly, this study is the first to compare the stacking and T-shaped interactions between all aromatic amino acids and select (natural and damaged) DNA nucleobases where the differences between stacking and T-shaped interactions at the CCSD(T)/CBS level are small. Therefore, our results indicate that T-shaped interactions cannot be ignored when studying biological processes, and this manuscript discusses the importance of these interactions in the context of DNA repair.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».