Mu Transposon Insertion Sites and Meiotic Recombination Events Co-Localize with Epigenetic Marks for Open Chromatin across the Maize Genome
Notice bibliographique
Résumé
The Mu transposon system of maize is highly active, with each of the approximately 50-100 copies transposing on average once each generation. The approximately one dozen distinct Mu transposons contain highly similar approximately 215 bp terminal inverted repeats (TIRs) and generate 9-bp target site duplications (TSDs) upon insertion. Using a novel genome walking strategy that uses these conserved TIRs as primer binding sites, Mu insertion sites were amplified from Mu stocks and sequenced via 454 technology. 94% of approximately 965,000 reads carried Mu TIRs, demonstrating the specificity of this strategy. Among these TIRs, 21 novel Mu TIRs were discovered, revealing additional complexity of the Mu transposon system. The distribution of >40,000 non-redundant Mu insertion sites was strikingly non-uniform, such that rates increased in proportion to distance from the centromere. An identified putative Mu transposase binding consensus site does not explain this non-uniformity. An integrated genetic map containing more than 10,000 genetic markers was constructed and aligned to the sequence of the maize reference genome. Recombination rates (cM/Mb) are also strikingly non-uniform, with rates increasing in proportion to distance from the centromere. Mu insertion site frequencies are strongly correlated with recombination rates. Gene density does not fully explain the chromosomal distribution of Mu insertion and recombination sites, because pronounced preferences for the distal portion of chromosome are still observed even after accounting for gene density. The similarity of the distributions of Mu insertions and meiotic recombination sites suggests that common features, such as chromatin structure, are involved in site selection for both Mu insertion and meiotic recombination. The finding that Mu insertions and meiotic recombination sites both concentrate in genomic regions marked with epigenetic marks of open chromatin provides support for the hypothesis that open chromatin enhances rates of both Mu insertion and meiotic recombination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».