The HCV ARFP/F/core+1 protein: Production and functional analysis of an unconventional viral product
Notice bibliographique
Résumé
Hepatitis C virus (HCV) is an enveloped positive-strand RNA virus of the Flaviviridae family. It has a genome of about 9,600 nucleotides encoding a large polyprotein (about 3,000 amino acids) that is processed by cellular and viral proteases into at least 10 structural and nonstructural viral proteins. A novel HCV protein has also been identified by our laboratory and others. This protein--known as ARFP (alternative reading frame protein), F (for frameshift) or core+1 (to indicate the position) protein--is synthesized by an open reading frame overlapping the core gene at nucleotide +1 (core+1 ORF). However, almost 10 years after its discovery, we still know little of the biological role of the ARFP/F/core+1 protein. Abolishing core+1 protein production has no affect on HCV replication in cell culture or uPA-SCID mice, suggesting that core+1 protein is probably not important for the HCV reproductive cycle. However, the detection of specific anti-core+1 antibodies and T-cell responses in HCV-infected patients, as reported by many independent laboratories, provides strong evidence that this protein is produced in vivo. Furthermore, analyses of the HCV sequences isolated from patients with hepatocellular carcinoma and in vitro studies have provided strong preliminary evidence to suggest that core+1 protein plays a role in advanced liver disease and liver cancer. The available in vitro data also suggest that certain core function proteins may depend on production of the core+1 protein. We describe here the discovery of the various forms of the core+1 protein and what is currently known about the mechanisms of their production and their biochemical and functional properties. We also provide a detailed summary of the results of patient-based research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».