Conformational Analysis of Glutathione in Aqueous Solution with Molecular Dynamics
Notice bibliographique
Résumé
Molecular dynamics simulations over 20 ns with the Gromacs all-atom force field, coupled with cluster analyses of the trajectories, have been applied to the sixteen charge states of glutathione (GSH) in order to examine the distribution conformations in aqueous solution as a function of pH. The simulations show that GSH is very flexible and does not adopt a strongly preferred conformation at any pH. Comparison with limited conformational data deduced from NMR analyses shows little agreement. Contrary to the NMR results which found essentially equal populations of the three rotameric forms, the simulations reveal lower populations for gauche rotameric forms of the Cys and Glu side chains. In most species, the lowest populations were found for the sterically hindered gauche−gauche orientation about the C α −C β bond in both residues, except when electrostatic attraction between oppositely charged ends, unshielded by intervening water, was found to dominate. In the majority of the enzyme-bound GSH structures extracted from the Brookhaven Protein Data Bank, the bound GSH has a conformation that is either the same or similar to that free in solution. In some cases, as in the case of solid-state GSH and the oxidized form, GSSG, crystal packing and intermolecular H-bonding interactions force the GSH skeleton into a conformation that is not seen in solution. The distribution of the separation of the Cys S atom from the Glu α C−H bond was monitored over the course of the 20 ns simulations to deduce conditions under which H atom transfer may occur from the Glu α C−H bond to a thiyl radical of the Cys moiety of GSH, as has been observed experimentally.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».