Natural occurrence of a partitivirus in the sapstaining fungus <i>Ceratocystis resinifera</i>
Notice bibliographique
Résumé
The bisegmented genome of a double-stranded RNA (dsRNA) virus from isolate LG115 of Ceratocystis resinifera, a sapstaining ascomycete fungus, was characterized. The larger segment (dsRNA-1) was 2305 base pairs in length, whereas the smaller one (dsRNA-2) was 2207 base pairs. The positive strand of dsRNA-1 contained an open reading frame (ORF) with the potential to encode a protein of 661 amino acids, and this ORF was closely related to coat proteins (CPs) of previously characterized fungal partitiviruses. The dsRNA-2 sequence encodes a putative protein of 663 amino acids, and this protein contains conserved motifs of RNA-dependent RNA polymerases (RDRPs) and is highly related to RDRPs of fungal partitiviruses. These results suggest that these two dsRNAs are the genome of a partitivirus. Nucleotide and amino acid comparisons revealed high similarities between this virus and a partitivirus described from Ceratocystis polonica, a closely related sapstaining fungus. Over the entire genome, the two viruses shared 82.8%–84.7% nucleotide sequence identities, and the amino acid sequence identities for CPs and RDRPs were 87.3% and 95.6%, respectively. These results suggest that the viruses in C. polonica and C. resinifera can be considered as two strains of the same partitivirus. The natural occurrence of a partitivirus in two fungal species indicates that horizontal transmission of this partitivirus may have occurred between these two fungi. Northern blot analysis indicated that this partitivirus was widespread in populations of C. resinifera.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».