Roles of Dimerization Domain Residues in Binding and Catalysis by Aminoacylase-1
Notice bibliographique
Résumé
The aminoacylase-1/metallopeptidase 20 (Acy1/M20) family is the largest metallopeptidase family. Several crystal structures feature a metal-binding and a dimerization-mediating domain, both arranged in an extended open conformation. We have recently shown [Lindner et al. (2003) J. Biol. Chem. 278, 44496-44504] that in human Acy1 the invariant residues Glu147 and His206 from the metal-binding and the dimerization domain, respectively, are recruited to the active site from opposite dimer subunits. We hypothesized that, to facilitate this, formation of the binary complex is associated with domain closure, which would also position additional residues in the functional active site of Acy1. These would include two partially conserved dimerization domain residues: an asparagine (Asn263) and an arginine (Arg276) from the same subunit as His206 and Glu147, respectively. In this paper, we investigate the significance of the three dimerization domain residues of human Acy1 His206, Asn263, and Arg276 and, additionally, the nearby Asp274 for catalysis using site-directed mutagenesis. Enzyme complementation assays confirm the putative subunit allocations of these residues, and steady-state kinetics support roles for all of them in catalysis but only involve the Arg276 in substrate-binding. The results are consistent with a model of the closed conformation for the structure of the related enzyme carboxypeptidase G2. This study demonstrates experimentally for the first time for a member of the Acy1/M20 family that several residues outside of the metal-binding domain are involved in binding and catalysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».