Assessment of reliability and validity of IBD phenotyping within the National Institutes of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases (NIDDK) IBD Genetics Consortium (IBDGC)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The NIDDK IBD Genetics Consortium (IBDGC) collects DNA and phenotypic data from inflammatory bowel disease (IBD) subjects to provide a resource for genetic studies. No previous studies have been performed on the reliability and validity of phenotypic determinations in either Crohn's disease (CD) or ulcerative colitis (UC) using primary records. Our aim was to determine the reliability and validity of these phenotypic assessments. METHODS: The de-identified records of 30 IBD patients were reviewed by 2 phenotypers per center using a standard protocol for phenotypic assessment. Each phenotyper evaluated 10 charts on 2 occasions 5 months apart. Reliability was expressed as the kappa (kappa) statistic. Performance characteristics were determined by comparison to a consensus-derived "gold standard" and by generation of receiver operating characteristic (ROC) curves. RESULTS: Agreement for diagnosis was excellent (kappa = 0.82; 95% confidence interval [CI]: 0.71-0.92). Agreement for CD location was good for jejunal, ileal, colorectal, and perianal disease with kappa between 0.60 and 0.74 but was fair for esophagogastroduodenal (kappa = 0.36). Agreement for UC extent (kappa = 0.67; 95% CI: 0.48-0.85), and CD behavior (kappa = 0.67; 95% CI: 0.49-0.83) were very good. Area under the ROC curves was greater than 0.84 for diagnosis, CD behavior, UC extent, and ileal and colonic CD location. CONCLUSIONS: IBD phenotype classification using a standard protocol exhibited very good to excellent inter- and intrarater agreement and validity. This study highlights the importance of standard protocols in generating reliable and valid phenotypic assessments. The data will facilitate estimates of phenotyping misclassification rates that should be considered when making inferences from IBD genotype-phenotype studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».