Modeling of the orientational and structural dynamics of single-stranded DNA probe molecules immobilized on fused silica and glass surfaces
Notice bibliographique
Résumé
Immobilization of single-stranded DNA onto fused silica and glass surfaces has been widely used for preparation of fiber optic sensors and DNA microarrays. Fundamental investigations of the orientation, motion and hybridization behavior of immobilized ssDNA is important to understand the design sensing devices. Using computational methods to evaluate molecular dynamics w have simulated a solid SiO2-linker-ssDNA system and studied the conformations assumed by such immobilized material under different physical constraints. We have also evaluated the molecular dynamics of fluorescent intercalating dyes that are attached to the ssDNA by tethers of various lengths, with the goal of preparing a label on ssDNA that will transducer hybridization. Periodic boundary conditions were applied to examine packing properties and nearest neighbor interactions of adjacent ssDNA molecules. Molecular dynamics have been performed at room temperature as well as on heated systems. Solvent effects were taken into account and the modeling assumed the presence of an aqueous environment. The results suggest the various conformations and orientations that immobilized ssDNA can assume, and indicate that the orientation is generally far more that is perpendicular to the interface. Exploration of tether lengths indicates the minimum lengths that are required for a fluorescent label to operate efficiently as an intercalating agent.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».