Genome-wide evidence for selection acting on single amino acid repeats
Notice bibliographique
Résumé
Low complexity and homopolymer sequences within coding regions are known to evolve rapidly. While their expansion may be deleterious, there is increasing evidence for a functional role associated with these amino acid sequences. Homopolymer sequences are thought to evolve mostly through replication slippage and, therefore, they may be expected to be longer in regions with relaxed selective constraint. Within the coding sequences of eukaryotes, alternatively spliced exons are known to evolve under relaxed constraints in comparison to those exons that are constitutively spliced because they are not included in all of the mature mRNA of a gene. This relaxed exposure to selection leads to faster rates of evolution for alternatively spliced exons in comparison to constitutively spliced exons. Here, we have tested the effect of splicing on the structure (composition, length) of homopolymer sequences in relation to the splicing pattern in which they are found. We observed a significant relationship between alternative splicing and homopolymer sequences with alternatively spliced genes being enriched in number and length of homopolymer sequences. We also observed lower codon diversity and longer homocodons, suggesting a balance between slippage and point mutations linked to the constraints imposed by selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».