Mutational Analysis of a Nucleosidase Involved in Quorum-Sensing Autoinducer-2 Biosynthesis
Notice bibliographique
Résumé
5'-Methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase (MTAN) is important in a number of cellular functions such as polyamine biosynthesis, methionine salvaging, biological methylation, and quorum sensing. The nucleosidase is found in many microbes but not in mammalian systems, thus making MTAN a broad-spectrum antimicrobial drug target. Substrate binding and catalytic residues were identified from the crystal structure of MTAN complexed with 5'-methylthiotubercidin [Lee, J. E., Cornell, K. A., Riscoe, M. K. and Howell, P. L. (2003) J. Biol. Chem. 278 (10) 8761-8770]. The roles of active site residues Met9, Glu12, Ile50, Ser76, Val102, Phe105, Tyr107, Phe151, Met173, Glu174, Arg193, Ser196, Asp197, and Phe207 have been investigated by site-directed mutagenesis and steady-state kinetics. Mutagenesis of residues Glu12, Glu174, and Asp197 completely abolished activity. The location of Asp197 and Glu12 in the active site is consistent with their having a direct role in enzyme catalysis. Glu174 is suggested to be involved in catalysis by stabilizing the transition state positive charge at the O3', C2', and C3' atoms and by polarizing the 3'-hydroxyl to aid in the flow of electrons to the electron withdrawing purine base. This represents the first indication of the importance of the 3'-hydroxyl in the stabilization of the transition state. Furthermore, mutation of Arg193 to alanine shows that the nucleophilic water is able to direct its attack without assistance from the enzyme. This mutagenesis study has allowed a reevaluation of the catalytic mechanism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».