Filling in the gaps: EST surveys of under‐represented chromalveolates
Notice bibliographique
Résumé
The “chromalveolate hypothesis” posits the monophyly of alveolates (apicomplexans, dinoflagellates and ciliates), heterokonts, haptophytes and cryptomonads. One implication of the monophyly of chromalveolates is that the plastids in this group could share a common ancestor—derived from a single endosymbiosis. Members of all chromalveolate groups, with the exception of ciliates, possess a secondary plastid originating from a rhodophytic symbiont (although the rhodophytic origin of the apicomplexan plastid remains contentious). A single origin of this chromalveolate plastid represents the most parsimonious hypothesis for plastid acquisition. Growing support for the “chromalveolate hypothesis” has relied on a relatively small number of molecular studies to date, and a more thorough examination of this alliance has been undermined by a paucity of broad molecular data from several of its members, despite complete genome sequences from apicomplexans and ciliates. To address this deficit we have undertaken EST (Expressed Sequence Tag) surveys of several taxa, representing dinoflagellates, haptophytes and cryptomonads. Using EST data we are undertaking broad molecular comparisons of these groups through molecular phylogenies, analyses of common biochemical pathways, and studies of organelle evolution. This genome‐based approach provides a more complete view of the major chromalveolate groups, and a chance to more thoroughly test the chromalveolate hypothesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».