HPV and methylation indicators in paired tumor and saliva in HNSCC
Notice bibliographique
Résumé
Human papilloma virus type 16 (HPV16) is a causative agent for some head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) and an independent risk factor for oropharyngeal SCC. The goal of this study was to examine HPV16 associated gene methylation in paired saliva and tumor DNA with assessment of the sensitivity, specificity, positive predictive, and negative predictive value for saliva HPV as a test for HNSCC. HPV16 status was determined by quantitative PCR (qPCR) in 35 primary HNSCC paired tumor and saliva specimens. Tumor cut points >=0.03 and >=0.1 and saliva cut points >0 and ?0.001 were used to classify results as HPV positive or negative. Aberrant methylation was determined by the methylation-specific multiplex ligation probe amplification (MS-MLPA) assay. The frequency of promoter hypermethylation in tumor samples was 66% (23/35) versus 17% (6/35) in saliva. Two of 35 paired tumor and saliva samples had commonly methylated genes. HPV and methylation were correlated for IGSF4 (p=0.01) in tumor samples (cut point ?0.03) and for ESR1 in saliva samples (cut point >0). Although the sensitivity of HPV detection in saliva was significantly reduced when saliva cut points were increased from >0 to >=0.001, the specificity and positive predictive values were 100% at saliva cut point of >=0.001, regardless of tumor cut points. Within clearly defined parameters, HPV detection in saliva DNA shows promise as a non invasive approach for tumor HPV status. Methylated genes detected in saliva may be useful in early detection and as potential predictive markers of HNSCC. Further confirmation and validation in larger cohorts is required.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».