Transferred<sup>13</sup>C<i>T</i><sub>1</sub>Relaxation at Natural Isotopic Abundance: A Practical Method for Determining Site-Specific Changes in Ligand Flexibility upon Binding to a Macromolecule
Notice bibliographique
Résumé
An NMR strategy is described for measuring changes in 13 C spin−lattice relaxation times ( T 1 ) of ligand molecules, at natural isotopic abundance, upon binding to macromolecules of potentially unlimited size. The rapidly reversible binding nature of a substrate-based inhibitor (BILN127SE, K i = 5.4 μM) with the NS3 protease domain of the hepatitis C virus has been well documented and has served as an appropriate system for testing the transferred 13 C T 1 concept. 13 C T 1 relaxation, which is sensitive to motions that occur on the pico- to nanosecond time scale, were first measured for free BILN127SE. Upon addition of the protease at a 25:1 inhibitor-to-protease ratio, differential changes in the 13 C T 1 relaxation times of BILN127SE were observed. The equilibrium binding nature of the complex, results in a transfer of T 1 relaxation information of the ligand from the bound to the free state where it is more easily detected. The relative changes in 13 C T 1 relaxation provides a qualitative insight into the site-specific changes in ligand immobilization upon binding to the protease. Comparisons of this dynamics information are made with structural data deduced from 1 H NOESY, line-broadening, J -coupling, and ROESY experiments. The combination of dynamics and structural information should provide medicinal chemists with further opportunities to design more potent, chemically rigidified inhibitors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».