Plasminogen activator inhibitor-1 is locked in active conformation and polymerizes upon binding ligands neutralizing its activity
Notice bibliographique
Résumé
Plasminogen activator inhibitor-1 (PAI-1), a member of the serpin super-family, forms a covalent complex with its target proteinases, such as tissue and urokinase plasminogen activators. Thus, PAI-1 controls the physiological and pathological proteolysis. An abnormal expression of PAI-1 has been observed in different diseases, which can be treated by returning the proteolysis back to normal physiological levels. It has been reported that some PAI-1 inhibitors neutralize its activity by accelerating the conversion of PAI-1 into a latent form. We have found small organic chemicals that also neutralize PAI-1 activity, but by a different mechanism. Using the NBD fluorescent probe [N,N'-dimethyl-N-(acetyl)-N'-(7-nitrobenz-2-oxa-1,3-diazol-4-yl)] incorporated into the reactive center loop (RCL) of PAI-1, we measured the kinetics of conversion from an active to a latent form. Unexpectedly, we found that some inhibitors of PAI-1 arrest this serpin in its active form instead of increasing the speed of conversion. Using docking calculations, we located two possible binding sites for these chemicals. The sites are in proximity of the P1/P1' amino acids of the RCL of PAI-1. Binding in this area can inactivate PAI-1 and additionally create a steric obstacle on the RCL making insertion of this loop between the A3 and A5 strands more difficult; hence abolishing a necessary step in the conversion of this protein into the latent form. Additionally, PAI-1 inhibitors link the RCL of one PAI-1 molecule with the strand 3C and strand 4C or helix A and strand 1B regions of the other PAI-1 molecule aiding polymerization or stabilizing the junction of the two. The polymerization of PAI-1 reduces PAI-1 activity by encapsulating the critical RCL fragment inside the formed PAI-1/PAI-1 polymers.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».