Widely variable endogenous retroviral methylation levels in human placenta
Notice bibliographique
Résumé
It is generally assumed that transposable elements, including endogenous retroviruses (ERVs), are silenced by DNA methylation/chromatin structure in mammalian cells. However, there have been very few experimental studies to examine the methylation status of human ERVs. In this study, we determined and compared the methylation status of the 5' long terminal repeats (LTRs) of different copies of the human endogenous retrovirus (HERV) family HERV-E, which are inserted in various genomic contexts. We found that three HERV-E LTRs which function as alternative gene promoters in placenta are unmethylated in that tissue but heavily methylated in blood cells, where these LTRs are not active promoters. This difference is not solely due to global hypomethylation in placenta, since two general measures of methylation levels of HERV-E and HERV-K LTRs suggest only 10-15% lower overall HERV methylation in placenta compared to blood. Comparisons between methylation levels of the LTR-derived gene promoters and six random HERV-E LTRs in placenta showed that the former display significantly lower methylation levels than random LTRs. Moreover, the differences in methylation between LTRs cannot always be explained by their genomic environment, since methylation of flanking sequences can be very different from methylation of the LTR itself.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».