An oxocarbenium-ion intermediate of a ribozyme reaction indicated by kinetic isotope effects
Notice bibliographique
Résumé
Many of the enzymes that catalyze reactions at nucleotide glycosidic linkages proceed through either a reactive oxocarbenium-ion intermediate or a transition state with considerable oxocarbenium character. To investigate how an RNA active site deals with the catalytic challenge of nucleotide synthesis, we probed the transition state of a ribozyme able to promote the formation of a pyrimidine nucleotide. Primary and secondary kinetic isotope effects indicate that this ribozyme stabilizes a highly dissociative reaction with considerable sp2 hybridization and negligible bond order between the departing pyrophosphate leaving group and the anomeric carbon. The small primary 13C isotope effect of 1.002 +/- 0.003 indicates that the reaction is likely to be less concerted than that observed for protein nucleotide synthesis enzymes, which typically have primary 13C isotope effects of 1.02-1.03. The dissociative nature of the ribozyme reaction most resembles the reaction of some hydrolytic enzymes, such as uracil DNA glycosylase, which uses the negative charges found in the phosphodiester backbone of its DNA substrate to transiently stabilize an oxocarbenium ion during hydrolysis. The detectable hydrolysis observed in the ribozyme reaction indicates that shielding of this reactive intermediate from water is a significant challenge for RNA, which protein enzymes that synthesize nucleotides have managed to overcome during evolution, apparently by the utilization of more concerted chemistry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».