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Enregistrement W2062689300 · doi:10.1186/1897-4287-9-s1-p38

Late presentation of cancer in compound heterozygote PMS2 mutation carrier

2011· article· en· W2062689300 sur OpenAlexaff
Paulien P van Galen, Renée Perrier, François P. Bernier

Notice bibliographique

RevueHereditary Cancer in Clinical Practice · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGenetic factors in colorectal cancer
Établissements canadiensAlberta Children's Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineHeterozygote advantageHuman geneticsPresentation (obstetrics)PMS2CancerMutationGeneticsBioinformaticsInternal medicineSurgeryGeneGenotypeBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Turcot syndrome is clinically characterized by the occurrence of primary brain tumors, colorectal cancer and/or accompanying adenomas. It has been described as both an autosomal dominant and recessive condition and mutations in APC, MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2 have been reported. Constitutional Mismatch repair (CMMR) deficiency is a variant of Lynch syndrome (LS) associated with biallelic MMR mutations. Individuals present with NF1 manifestations and generally develop hematological malignancies, brain tumors and/or LS associated cancers, in the first or second decade of life. We report an individual with café au lait macules (CAL) and a history of glioblastoma at 31 and proximal colon cancer at 32. Family history includes a mother with hematologic cancers in her 60’s, maternal half uncle with colon cancer at 48, maternal half uncle with renal cancer and three maternal great uncles with colon cancer. The proband underwent a standard clinical assessment in the cancer genetics clinic. Immunohistochemistry (IHC) and genetic testing for MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2 was completed followed by microsatellite (MSI) studies and imunohistochemistry (IHC) for PMS2. IHC on tissue from the patient’s colorectal tumor showed very weak staining of MLH1 in both the tumor and benign colonic mucosa and lymphocytes. No mutation was detected by sequencing and MLPA for MLH1, MSH2 and MSH6. MSI was high and subsequent IHC for PMS2 showed absent staining. Sequencing of PMS2 identified two changes: 2019 delT resulting in a frameshift mutation at codon 673 and 2249G>A (G750D), a missense change in a fully conserved region. In-silico analysis by SIFT [ http://sift.jcvi.org/ ] and Polyphen [ http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/ ] predict the missense change to be damaging. This change has also been previously reported as a biallelic mutation in individual with a complete PMS2 gene deletion and history of rectal cancer and brain tumor at 22 and 23 respectively [ 1 ]. The proband’s mother is currently being tested to confirm the two PMS2 mutations are in trans. We report an individual with Turcot syndrome and biallelic PMS2 mutations who developed her first cancer in her 30’s. In this case, biallelic mutations were suspected due to the history of CALs. This result is in keeping with recent reports suggesting a milder phenotype may exist in individuals with biallelic PMS2 mutations, particularly in those where one mutation may be hypomorphic resulting in some residual MMR proficiency.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,070
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,123
Tête enseignante GPT0,453
Écart entre enseignants0,331 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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