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Enregistrement W2063517469 · doi:10.1371/journal.pone.0077256

Zhangfei/CREB-ZF – A Potential Regulator of the Unfolded Protein Response

2013· article· en· W2063517469 sur OpenAlexafffund
Rui Zhang, Noreen Rapin, Zhengxin Ying, Erika Shklanka, Timothy W. Bodnarchuk, Valerie M. K. Verge, Vikram Misra

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEndoplasmic Reticulum Stress and Disease
Établissements canadiensCameco (Canada)University of Saskatchewan
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchChina Scholarship CouncilNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaGovernment of Jiangxi ProvinceUniversity of Saskatchewan
Mots-clésUnfolded protein responseLeucine zipperATF4ATF6XBP1Cell biologyEndoplasmic reticulumATF3ThapsigarginTranscription factorBiologyActivating transcription factorCREBEndoplasmic-reticulum-associated protein degradationSOX4GenePromoterGene expressionRNABiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cells respond to perturbations in the microenvironment of the endoplasmic reticulum (ER), and to the overloading of its capacity to process secretory and membrane-associate proteins, by activating the Unfolded Protein Response (UPR). Genes that mediate the UPR are regulated by three basic leucine-zipper (bLZip) motif-containing transcription factors - Xbp1s, ATF4 and ATF6. A failure of the UPR to achieve homeostasis and its continued stimulation leads to apoptosis. Mechanisms must therefore exist to turn off the UPR if it successfully restores normalcy. The bLZip protein Zhangfei/CREBZF/SMILE is known to suppress the ability of several, seemingly structurally unrelated, transcription factors. These targets include Luman/CREB3 and CREBH, ER-resident bLZip proteins known to activate the UPR in some cell types. Here we show that Zhangfei had a suppressive effect on most UPR genes activated by the calcium ionophore thapsigargin. This effect was at least partially due to the interaction of Zhangfei with Xbp1s. The leucine zipper of Zhangfei was required for this interaction, which led to the subsequent proteasomal degradation of Xbp1s. Zhangfei suppressed the ability of Xbp1s to activate transcription from a promoter containing unfolded protein response elements and significantly reduced the ability to Xbp1s to activate the UPR as measured by RNA and protein levels of UPR-related genes. Finally, specific suppression of endogenous Zhangfei in thapsigargin-treated primary rat sensory neurons with siRNA directed to Zhangfei transcripts, led to a significant increase in transcripts and proteins of UPR genes, suggesting a potential role for Zhangfei in modulating the UPR.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,184
Écart entre enseignants0,175 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2013
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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