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Enregistrement W2064234593 · doi:10.1002/ajmg.b.32232

Copy number variant study of bipolar disorder in Canadian and UK populations implicates synaptic genes

2014· article· en· W2064234593 sur OpenAlexafffundabout
Abdul Noor, Anath C. Lionel, Sarah Cohen‐Woods, Narges Moghimi, James Rucker, Alanna Fennell, Bhooma Thiruvahindrapuram, Liana Kaufman, Bryan Degagne, John Wei, Sagar V. Parikh, Pierandrea Muglia, Julia Forte, Stephen W. Scherer, James L. Kennedy, Wei Xu, Peter McGuffin, Anne Farmer, John S. Strauss, John B. Vincent

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Medical Genetics Part B Neuropsychiatric Genetics · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomic variations and chromosomal abnormalities
Établissements canadiensUniversity of TorontoUniversity Health NetworkPrincess Margaret Cancer CentreToronto Western HospitalHospital for Sick ChildrenCentre for Addiction and Mental Health
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthGénome QuébecMcGill University
Mots-clésCopy-number variationGeneticsNeurexinBiologyGeneGenome-wide association studyAlternative splicingSingle-nucleotide polymorphismSNPExonCandidate geneSNP arrayGenomeGenotypeReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) data from 936 bipolar disorder (BD) individuals and 940 psychiatrically healthy comparison individuals of North European descent were analyzed for copy number variation (CNV). Using multiple CNV calling algorithms, and validating using in vitro molecular analyses, we identified CNVs implicating several candidate genes that encode synaptic proteins, such as DLG1, DLG2, DPP6, NRXN1, NRXN2, NRXN3, SHANK2, and EPHA5, as well as the neuronal splicing regulator RBFOX1 (A2BP1), and neuronal cell adhesion molecule CHL1. We have also identified recurrent CNVs on 15q13.3 and 16p11.2-regions previously reported as risk loci for neuropsychiatric disorders. In addition, we performed CNV analysis of individuals from 215 BD trios and identified de novo CNVs involving the NRXN1 and DRD5 genes. Our study provides further evidence of the occasional involvement of genomic mutations in the etiology of BD, however, there is no evidence of an increased burden of CNVs in BD. Further, the identification of CNVs at multiple members of the neurexin gene family in BD individuals, supports the role of synaptic disruption in the etiology of BD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,050
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,255
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations86
Publié2014
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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