Sequence Analysis, Structure Prediction, and Functional Validation of<i>phaC1/phaC2</i>Genes of<i>Pseudomonas</i>sp. LDC-25 and Its Importance in Polyhydroxyalkanoate Accumulation
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Polyhydroxyalkanoates (PHAs) are attractive biomaterials in both conventional medical devices and tissue engineering. PHA synthase is responsible for catalyzing the formation of Polyhydroxyalkanoates (PHA), but its structural information is limited. Hence, this study focuses to predict 3D model for phaC1 and phaC2 genes of field-soil strain Pseudomonas sp. LDC-25 and to validate the functional properties through in vitro studies. The phaC1/phaC2 genes were amplified, cloned, and sequenced. The sequence analysis showed > 90% homology to phaC loci and presence of alpha/beta hydrolase fold, but phaC2 loci of LDC-25 exhibits variation in the conserved residue (Ser is replaced by Ala). Threading approach demonstrated that Carboxylesterase (d1tqha) can be used as the modeling template. The predicted models showed the presence of conserved residues at 122 (G), 205 (S), and 236 (S). In vitro studies also supported that PHA accumulation ability was less in Pseudomonas sp. LDC-25 compared to other field isolate, Pseudomonas sp. LDC-5. FT-IR spectrum showed PHA specific peaks at 1735.62 cm(-1). Results of this study would help to detect the functional domains of the protein in order to elucidate their structure/function characteristics with special emphasis on invariant conserved residues.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle