Solution Structure of the Dimeric Zinc Binding Domain of the Chaperone ClpX
Notice bibliographique
Résumé
ClpX (423 amino acids), a member of the Clp/Hsp100 family of molecular chaperones and the protease, ClpP, comprise a multimeric complex supporting targeted protein degradation in Escherichia coli. The ClpX sequence consists of an NH2-terminal zinc binding domain (ZBD) and a COOH-terminal ATPase domain. Earlier, we have demonstrated that the zinc binding domain forms a constitutive dimer that is essential for the degradation of some ClpX substrates such as gammaO and MuA but is not required for the degradation of other substrates such as green fluorescent protein-SsrA. In this report, we present the NMR solution structure of the zinc binding domain dimer. The monomer fold reveals that ZBD is a member of the treble clef zinc finger family, a motif known to facilitate protein-ligand, protein-DNA, and protein-protein interactions. However, the dimeric ZBD structure is not related to any protein structure in the Protein Data Bank. A trimer-of-dimers model of ZBD is presented, which might reflect the closed state of the ClpX hexamer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».