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Enregistrement W2066294172 · doi:10.1139/w03-028

Nitrate reductase from the magnetotactic bacterium<i>Magnetospirillum magnetotacticum</i>MS-1: purification and sequence analyses

2003· article· en· W2066294172 sur OpenAlexvenueno aff
Azuma Taoka, Katsuhiko Yoshimatsu, Masaaki Kanemori, Yoshihiro Fukumori

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Microbiology · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGeomagnetism and Paleomagnetism Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNitrate reductaseBiologyNitrite reductaseEscherichia coliBiochemistryPeriplasmic spaceHemeReductaseProteobacteriaNAPAMolecular biologyGeneEnzyme16S ribosomal RNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We purified the nitrate reductase from the soluble fraction of Magnetospirillum magnetotacticum MS-1. The enzyme was composed of 86- and 17-kDa subunits and contained molybdenum, non-heme iron, and heme c. These properties are very similar to those of the periplasmic nitrate reductase found in Paracoccus pantotrophus. The M. magnetotacticum nap locus was clustered in seven open reading frames, napFDAGHBC. The phylogenetic analyses of NapA, NapB, and NapC suggested a close relationship between M. magnetotacticum nap genes and Escherichia coli nap genes, which is not consistent with the 16S rDNA data. This is the first finding that the alpha subclass of Proteobacteria possesses a napFDAGHBC-type nap gene cluster. The nap gene cluster had putative fumarate and nitrate reduction regulatory protein (Fnr) and NarL protein binding sites. Furthermore, we investigated the effect of molybdate deficiency in medium on the total iron content of the magnetosome fraction and discussed the physiological function of nitrate reductase in relation to the magnetite synthesis in M. magnetotacticum.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,814
Score d'incertitude au seuil0,818

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,249
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations27
Publié2003
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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