Identification of Reference Proteins for Western Blot Analyses in Mouse Model Systems of 2,3,7,8-Tetrachlorodibenzo-P-Dioxin (TCDD) Toxicity
Notice bibliographique
Résumé
Western blotting is a well-established, inexpensive and accurate way of measuring protein content. Because of technical variation between wells, normalization is required for valid interpretation of results across multiple samples. Typically this involves the use of one or more endogenous controls to adjust the measured levels of experimental molecules. Although some endogenous controls are widely used, validation is required for each experimental system. This is critical when studying transcriptional-modulators, such as toxicants like 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD).To address this issue, we examined hepatic tissue from 192 mice representing 47 unique combinations of strain, sex, Ahr-genotype, TCDD dose and treatment time. We examined 7 candidate reference proteins in each animal and assessed consistency of protein abundance through: 1) TCDD-induced fold-difference in protein content from basal levels, 2) inter- and intra- animal stability, and 3) the ability of each candidate to reduce instability of the other candidates. Univariate analyses identified HPRT as the most stable protein. Multivariate analysis indicated that stability generally increased with the number of proteins used, but gains from using >3 proteins were small. Lastly, by comparing these new data to our previous studies of mRNA controls on the same animals, we were able to show that the ideal mRNA and protein control-genes are distinct, and use of only 2-3 proteins provides strong stability, unlike in mRNA studies in the same cohort, where larger control-gene batteries were needed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».