Gene Set Enrichment Analyses Revealed Several Affected Pathways in Niemann-Pick Disease Type C Fibroblasts
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Notice bibliographique
Résumé
Niemann-pick type C (NPC) disease is characterized by endosomal and lysosomal accumulation of lipids, impaired tubulovesicular trafficking, and neurodegeneration leading to premature death. Current treatment options are limited to mainly symptomatic treatments. Thus, new and efficient drug targets are needed, and therefore we performed a Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) on NPC and healthy fibroblasts to identify globally affected pathways in NPC that could serve as targets for later drug discovery programs. Cell lines were characterized by analyzing cellular concentrations of cholesterol, its precursors and metabolites, as well as cellular plant sterol levels. Gene expression analyses were performed with Sentrix Human-8 Expression BeadChips, analyzing 23,000 transcripts. Pathway analysis of the expression data was performed using the GSEA method. Twenty-seven upregulated and 33 downregulated pathways emerged as globally affected in the GSEA analysis. These pathways included, for example, mitochondrial pathway, caspase cascade, as well as prostaglandin and leukotriene metabolism. Based on the present results and earlier published data, anti-inflammatory and antiapoptotic treatment could be beneficial in NPC.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle