Chromatin modification of the human imprinted <i>NDN</i> (necdin) gene detected by in vivo footprinting
Notice bibliographique
Résumé
Allele-specific transcription is a characteristic feature of imprinted genes. Many imprinted genes are also transcribed in a tissue- or cell type-specific manner. Overlapping epigenetic signals must, therefore, modulate allele-specific and tissue-specific expression at imprinted loci. In addition, long-range interactions with an Imprinting Center (IC) may influence transcription, in an allele-specific or cell-type specific manner. The IC on human chromosome 15q11 controls parent-of-origin specific allelic identity of a set of genes located in cis configuration within 2 Mb. We have now examined the chromatin accessibility of the promoter region of one of the Imprinting Centre-controlled genes, NDN encoding necdin, using in vivo DNA footprinting to identify sites of DNA-protein interaction and altered chromatin configuration. We identified sites of modified chromatin that mark the parental alleles in NDN-expressing cells, and in cells in which NDN is not expressed. Our results suggest that long-lasting allele-specific marks and more labile tissue-specific marks layer epigenetic information that can be discriminated using DNA footprinting methodologies. Sites of modified chromatin mark the parental alleles in NDN-expressing cells, and in cells in which NDN is not expressed. Our results suggest that a layering of epigenetic information controls allele- and tissue-specific gene expression of this imprinted gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».