Cofactor Hydrogen Bonding onto the Protein Main Chain Is Conserved in the Short Chain Dehydrogenase/Reductase Family and Contributes to Nicotinamide Orientation
Notice bibliographique
Résumé
Human estrogenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase (17beta-HSD1), a member of the short chain dehydrogenase/reductase (SDR) family, is responsible for the biosynthesis of all active estrogens. The crystal structures of two C19-steroid ternary complexes (17beta-HSD1-androstanedione-NADP and 17beta-HSD1-androstenedione-NADP) reveal the critical role of Leu149 in regulating the substrate specificity and provide novel insight into the different fates of a conserved glutamate residue in the estrogen-specific proteins upon the binding of the keto and hydroxyl groups of steroids. The whole NADP molecule can be unambiguously defined in the NADP binary complex, whereas both ternary complexes show that the nicotinamide moiety of NADP cannot be located in the density maps. In both ternary complexes, the expected position of carboxamide oxygen of NADP is occupied by a water molecule, which makes a bifurcated hydrogen bond with the O3 of C19-steroid and the main chain nitrogen of Val188. These results demonstrate that the hydrogen bonding interaction between the main chain amide group and the carboxamide group of NAD(P)(H) plays an important role in anchoring the nicotinamide ring to the enzyme. This finding is substantiated by structural analyses of all 33 NAD(P)(H) complexes of different SDR proteins, because 29 structures of 33 show this interaction. This common feature reveals a general mechanism among the SDR family, providing a rational basis for inhibitor design against biologically relevant SDR targets.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».